In de jaren rond 1820 zorgde een nieuwe drankwet ervoor dat de accijnzen drastisch naar beneden gingen en dat de vergunningen om een distilleerderij te beginnen ook een stuk goedkoper werden. Gevolg was natuurlijk dat de distilleerderijen als paddenstoelen uit de grond schoten en dat bestaande distilleerderijen, waaronder Glengoyne in 1833, legaal werden. Er wordt gefluisterd dat Glengoyne één van de weinige distilleerderijen in het zuiden van de Highlands is die een vergunning kreeg, vanwege de hoge kwaliteit van de gestookte whisky.

De eerste eigenaar van Glengoyne, trouwens één van de weinige distilleerderijen die in zijn bestaan nog nooit heeft stilgelegen, was George Connell. Hij heeft veel voor Glengoyne betekend: hij is de bouwer van de distilleerderij geweest, degene die het land eromheen opgekocht heeft, en hij heeft de warehouses gebouwd. En die worden nog steeds gebruikt.

In 1876 kochten de Lang Brothers uit Glasgow (die nog steeds in de whisky-industrie zitten) Glengoyne en veranderden de naam in Glen Guin. Tot die tijd heette het nog Burnfoot en haar huidige naam kreeg de distilleerderij pas in 1905.
Glengoyne zou daarna altijd in Schotse handen blijven: in de 60-er jaren van de vorige eeuw werd de Edrington Group eigenaar en in 2003 de onafhankelijke Ian Macleod Distillers Ltd, die onder andere ook mede-eigenaar zijn van Broxburn Bottlers, de grootste bottelarij van Schotland.
De wisselingen van eigenaar zijn eigenlijk redelijk geruisloos gegaan; er hebben zich geen spectaculaire veranderingen voorgedaan en de methode van whisky-maken is altijd min of meer dezelfde gebleven.